Le catacombe furono scoperte nel 1931 dal padre Antonio Bellucci, che iniziò degli scavi sistematici portando alla luce l’intero complesso cimiteriale.

In realtà le catacombe di Sant’Efebo era state rinvenute già nel Cinquecento, ma i frati cappuccini di Sant’Eframo Vecchio avevano murato l’accesso per timore che quel luogo spirituale diventasse meta di curiosi e pellegrini.

Le gallerie cimiteriali sono state spesso rimaneggiate a causa dell’inserimento di ambienti posteriori come, ad esempio, alcune cisterne di notevole profondità.

Dal 2016 è in corso una attività di scavo archeologico e restauro che sta riportanto in luce le strutture principali e importanti affreschi, tra cui uno raffigurante tre Santi, probabilmente del VI secolo.