La catacomba di S. Gennaro a Capodimonte si compone di due livelli non sovrapposti, ai quali sono stati attribuiti i toponimi di "catacomba superiore" e "catacomba inferiore".

Il nucleo originario è da individuare nell'utilizzo e nell'ampliamento, avvenuto tra la fine del II e gli inizi del III secolo, di un ambiente cosiddetto "vestibolo inferiore". Da esso si sono sviluppati, nei periodi successivi al III secolo, gli ambulacra della catacomba inferiore secondo uno schema di scavo orizzontale e non verticalizzato. La catacomba superiore ebbe varie fasi di sviluppo: anche essa ebbe origine da un antico sepolcro che oggi chiamiamo "vestibolo superiore", noto essenzialmente per gli affreschi della volta della fine del II secolo con tematiche esclusivamente cristiane.

Gli elementi topografici maggiormente caratterizzanti la catacomba superiore, sono la piccola "basilica dei vescovi" e la maestosa "basilica maior"; la prima, ubicata esattamente al di sopra dell'ipogeo sepolcrale che ospitò le reliquie di S. Gennaro è dedicata alla memoria dei primi quattordici vescovi napoletani. Alla fine del V secolo, un'ampia trasformazione dei vicini ambienti diede vita alla grande "basilica adiecta": si tratta di una basilica trinave, che conserva numerosi affreschi, databili dal IV al VI secolo.