Si tratta di una vasta area cimiteriale, sviluppatasi su cinque livelli. Attualmente sono accessibili solo parte dei due livelli superiori e un'area del livello centrale, che sembra essere la zona più antica.

Importanti modifiche vennero apportate alla rete catacombale in connessione con il forte culto che si sviluppò attorno alla figura del martire Ippolito. Se, inizialmente, nei pressi della tomba venerata si assieparono numerose sepolture, queste vennero in seguito distrutte per creare un primo ambiente più ampio e monumetale, che conteneva al suo centro il sepolcro di Ippolito; papa Damaso (366-384) vi fece anche apporre un'iscrizione in versi e, secondo quanto riporta Prudenzio (XI inno del Peristefhanon), al di sopra dell'altare addossato alla tomba, era stata fatta eseguire una pittura che raffigurava il martirio del Santo.

Alla metà del VI secolo il santuario fu ingrandito, trasformandolo in una vera e propria basilica ipogea, divisa in tre settori con ampia scala di accesso. Il santuario fu visitato almeno sino alla fine dell'VIII secolo.