Las catacumbas fueron descubiertas en 1931 por el padre Antonio Bellucci, quien comenzó las excavaciones sistemáticas que sacaron a la luz todo el complejo del cementerio.

De hecho, las catacumbas de San Efebo se habían encontrado ya en el siglo XVI, pero los frailes capuchinos del antiguo monasterio de San Efebo habían tapiado el acceso por temor a que aquel lugar espiritual se convirtiera en un centro para los curiosos y los peregrinos.

Las galerías del cementerio a menudo se han alterado debido a la inserción de áreas posteriores como, por ejemplo, algunas cisternas de considerable profundidad.

Desde 2016, se llevó a cabo una actividad de excavación arqueológica y restauración, que están sacando a la luz las estructuras principales e importantes frescos, incluida una representación de tres santos, probablemente del siglo VI.